① 御本殿

衣食住　殖産工業　商業の守り神　である「倉稲魂命　うがのみたまのみこと」をお祀りし、波除様と尊称されます。
現在の社殿は昭和十二年に出来たもので、御祭神の繋がりが有る伊勢の神宮（外宮）と同じ神明造で造られており、国産の檜が使用され、戦前では東日本で最後に御造営された神社の御社殿です。

② ガラス戸

神社創建の際に、波が立つのは「雲を従える龍」また「風を従える虎」の仕業で、それを一声でひれ伏す事ができるのが獅子であり、獅子が見下ろすことで龍虎は鎮まり波がたたなくなる、転じて人生の荒波も鎮まるとされ厄除・災難除のご信仰が続いてございます。
その由緒に習い御本殿の奥には嘉永元年（1848年）に創建された木造・金梨地塗りの獅子頭（中央区民文化財）が祀られ、その獅子頭が見下ろす形で龍（青龍）、虎（白虎）の頭が祀られています。
夜間など社務所の開いていない時間帯にも本殿内部をご覧いただけるよう、本殿正面に、その由緒の龍虎の彫刻が彫られたガラス戸が新設されました。

③ 獅子頭一対(中央区文化財)

木造、金梨地塗り。嘉永元年（1848）三月、南本郷町の島屋藤次郎が発起人となって製作されました。
不思議とその後の天災や戦災にも修理中であったり助けだされたりと無事で、昭和二年に世話人より、もと南小田原町一丁目の獅子の付属品であった眼球と獅子毛と共に神社に奉納されました。
御本殿の木階を昇った大床の両側に御祭神をお守りするかたちに納められています。
御本殿の正面よりご覧頂くことが出来ます。

④ 青龍・白虎

神社創建の際に、波が立つのは「雲を従える龍」「風を従える虎」の仕業とされ、それをひれ伏すのが獅子とされ、獅子頭とともに青龍・白虎の頭も奉納されました。
当時の物は江戸時代に焼失され、平成24年に御鎮座350年の記念事業として青龍・白虎の頭が再興され、獅子頭が見下ろすかたちで本殿にお飾りされております。

⑤ 獅子殿

江戸時代、厄除・災難除の象徴として多くの参詣者を集め又当神社祭礼「つきじ獅子祭」の名称の元をもなした「厄除天井大獅子」は江戸末期に焼失以来その復興を待たれておりましたが、平成二年に神社の御鎮座330年を記念し、樹齢約三千年の黒檜（ねず）の原木を用いて　高さ2.4m　幅3.3m　重さ1t　往時に勝るとも劣らぬ　名実共に日本一の厄除天井大獅子として、加賀鶴来の現代の名工・知田清雲氏とその工房の手により再興され、神楽殿を基礎より全面改築された獅子殿に納められました。
故実の通り、おまいりの方が願いを託された「願い串」をこの天井大獅子の舌の上の収め籠に納め念じると、願い事を大獅子様におのみ頂きかなえて頂けると、今も多くの方々のお参りがございます。
この「願い串」は専用の箱に収められ一年分を十二月第三土曜日に執り行われるお火焚祭でお焚き上げを致します。

⑥ 摂社 弁財天社

学芸の才能と豊かな財をなす福徳の神「市杵島姫命　いちきしまひめのみこと」をお祀りこの御祭神を俗に弁財天と称することから弁財天社と呼ばれます。
江戸時代の御本殿の御創建に時を同じくお祀りされた縁の有る事から摂社として大切にお祀りされています。
中に収められております「お歯黒獅子」は江戸時代に東都名物で在りました雌の大獅子を祭礼で担ぐ様に高さ一尺の台座を含め高さ2.2ｍ　両耳幅2.5m　総重量700kg　総漆塗り一木造で、木彫・加賀獅子頭の名工の流れをくむ現代屈指の彫刻師・知田清雲氏とそれを支えた熟達の加賀の職人達の技により、紅色の肌地にお歯黒を施し金箔押しの巻き毛で腰高の姿に平成十四年再興され、この雌を表す頭の宝珠の中に弁財天・市杵島姫命の御神像が収められております。

⑦ 末社

天照大神 あまてらすおおみかみ
 伊勢の神宮の御祭神・日本人の大御祖神さま

大国主命 おおくにぬしのみこと
 大黒天・経営 開運 の守り神

少彦名命 すくなひこなのみこと
 恵比寿・医薬 開運 の守り神

天日鷲命 あめのひわしのみこと
 お酉様・商売繁盛 の守り神

以上の四神をお祀りしております。

⑧ おきつね様

いつの頃からか おきつね様 とお参りの方々に呼ばれ親しまれております祠で由緒は定かではありません。
途絶えることなくどなたかが赤い前掛けを取替えて下さいます。
今後もそっとこのままでお守りいたしてまいります。

⑨ 千貫宮神輿

『現存する江戸神輿の最高峰で錺神輿（かざりみこし）として二度と出来ない重要文化財級の最高傑作』（江戸神輿春秋・林順信著）昭和元年神田宮惣・作　台座幅四尺一寸五分の千貫神輿は平成2年5月に御鎮座330年記念事業で全面修繕が成りました。

⑩ 鉄製天水鉢(中央区文化財)

尾張の廻船業者・春入＜つきいれ・注文に応じて米や餅をつく職人＞業者・尾張屋弥八なる人物が世話人となり、尾張徳川家の蔵屋敷に出入りした小揚＜こあげ・蔵の荷の搬入出を扱う労務者＞連中が経費を出し合って、天保九年（1838）九月に奉納したもの。
深川の鋳物師大田正次の鋳造と記されています。

⑪ 賽銭箱

賽銭箱は昭和12年5月吉日に現在の社殿が竣工するのに合わせて夫々世話人の下で有志の仲買の方々よりご奉納頂いており、同様に屋号を知る資料として貴重なものといえます。

奉納辯戈天　魚がし 碑

高さ約1m 自然石の碑です。裏に昭和4年11月吉日と彫られており、御本殿の御祭神に縁の深い弁財天の社殿として現在の末社をご奉納頂いた時の奉納碑です。
弁財天へのご信仰の深さを物語るものといえます。
両碑は共にその時代の魚がしの仲買の屋号の変遷を知ることが出来る貴重な資料と言えます。

⑬ すし塚

昭和47年11月1日に東京都鮨商環境衛生同業組合（現・－生活衛星―）により建立。
日本の風土が育てた万人が好む食べ物 すし それを調える為に調理をしてきた魚の霊に感謝をし慰め更にはすしが永久の食べ物として発展させていく決意の表明として立てられました。
揮毫は時の副総理三木武夫氏です。
毎年11月1日の全国すしの日に合わせ、塚にすし種となる魚介他がお供えされて、組合員により魚霊祭すし塚祭が執行されます。

⑭ 海老塚

昭和48年9月に東天会てんぷら料理協同組合と（株）海老の大丸により建立てんぷらは魚・野菜などの恵みを調理する生業ゆえに、その恵みに感謝し敬意をはらいその道の精進を重ねる意を、分けてもてんぷらを象徴する海老の供養の塚として建立されました。
夏こそてんぷらを掲げて毎年7月に、塚に海老やてんぷらの種として使用される野菜他がお供えされ組合員により魚霊祭海老塚祭が執行されます。

⑮ 鮟鱇（あんこう）塚

昭和48年7月に魚河岸の仲買の尾邦・三浦啓雄氏により建立。
三浦啓雄氏が亡き父浜七の君の志を継ぎ、商う鮟鱇の御霊を慰め又この鮟鱇の世にも美味なることを多くの世の人々に知らしめんとして建立されました。
毎年鮟鱇が旬をむかえ始める10月後半～11月に、鮟鱇・魚他がお供えされ尾邦様により魚霊祭鮟鱇塚祭が執行されます。

⑯ 活魚塚

昭和59年5月に、魚河岸で活魚を扱う仲買の団体、東京築地魚市場活物組合により建立。
文字通り活魚を扱う仲買の方々にとっては直接魚を活けじめして血抜きをする日々であり、それが自分の生活の糧でありその魚を食する事により人間が生かされているという八百万の神の御恵みを頂かなければ人間は生きてゆけない事に感謝しその事を多くの人々に知らしめる目的で建設されました。
毎年5月～6月に、塚と御本殿夫々に活けじめの見事な鯛がお供えされ、先ず塚で続いて御本殿で活魚供養魚霊祭が百人を超す会員の参列の下で執行されます。

⑰ 玉子塚

平成5年11月に、東京鶏卵加工業組合がその創立三十周年を記念して建立。
寿司屋・料理屋等で主に使用される業務用の厚焼き玉子を作る業者にとっては日々新鮮な玉子を大量に使用することが必要であり、それによって生業が成り立っている事に感謝し、使用した玉子への供養と古より如何に玉子が世に優れた食材であったかを人々に顕彰する為に建てられました。
毎年10月に会員が参列し塚に玉子他をお供えして、玉子塚供養祭が執行されます。

⑱ 昆布塚

平成28年12月8日に有限会社サイトウ様により建立。
昆布全般の代々の供養のため建立され裏に「御比呂米代々供養」と彫られております。
比呂米（ひろめ）とは797年に書かれた『続日本紀』に初めて記述された昔の昆布の呼び名です。

⑲ 蛤(はまぐり)石

蛤は縁起の良いものとして、男女和合の象徴としてのものや、顔が綺麗で働き者でそのうえ食事を作るのが上手な理想的な女が蛤女房として、珍重されてきた。
この話の顕彰の意も含め仲買の網弁商店より奉納されました。

⑳ 奉納 吉野家 碑

平成28年8月31日に牛丼で有名な吉野家様により建立。
吉野家は日本橋にあった魚河岸で開業し、関東大震災の影響で魚河岸が築地に移転したため、同時に築地に移転、東京大空襲で店舗が焼失したものの戦後屋台で営業を再開、昭和34年に「築地一号店」を開業しました。
創業店が築地市場にあったという‘感謝の思い’を後世にこのすため、記念の石碑として建立されました。

㉑ 七福殿

毎月七日の七福神参りの際に御神像を安置する社殿です。
その月の七福神の御神像が七日に安置されます。また七日以外では祭典の際に祓所としてお祀りされます。

㉒ 手水鉢

手水鉢は昭和12年4月吉日に現在の社殿が竣工するのに合わせて夫々世話人の下で有志の仲買の方々よりご奉納頂いており、同様に屋号を知る資料として貴重なものといえます。

㉓ 御神木・枝垂れ銀杏

境内に２本ある御神木の枝垂れ銀杏。
その名前の通り大きくしだれている珍しい銀杏で、雑誌「東京人」で東京の銀杏に選ばれました。
11下旬から12月上旬にかけ見事に色づきます。

㉔ 錦絵

明治元年に完成し明治5年に焼失した日本で最初のホテル「築地ホテル館」が描かれた錦絵。錦絵の右端をみると波除神社の社殿を見ることが出来ます。
社殿の位置は現在と同じ場所にあり社殿の向きも現在と同じであるが、鳥居の位置と向きは現在とは異なり境内左側の摂社・末社あたりに現在の晴海通りを向けた（社殿向かって左側）にあったことがわかります。
当時の社殿は関東大震災で焼失し、昭和12年に再建、築地市場開業にあわせ鳥居は現在の向きに新たに建て直されました。